『LOST ONLINE』の世界には、わずかながら時間を移動できるシステムがあり、2002〜2006年の間でプレイヤーの好きなように時代を移動する事ができます。それぞれの時代においては、街の状況、世界情勢など、様々なものが微妙な違いを見せます。また、プレイヤーはそれぞれの時代で多彩なミッションに挑む事ができます。ミッションには“キャンペーン”と“アサルト”の2種類があり、それぞれ進行形式が異なります。